A la zona que ara ocupa el terme de Penàguila, els estudis arqueològics han registrat poblament des del neolític (Mas del Pla) i, sobretot, des de l’eneolític (La Perla, Les Puntes, Mas de Don Simón, Mas de Cantó i Mas d’Is). Cal mencionar també mostres d’art rupestre esquemàtic llevantí al barranc del Salt del Castell i art llevantí al port del Collao (declarat, com l’anterior, Bé d’Interés Cultural o BIC). Durant el Bronze s’ha localitzat un poblat al Mas del Moreral i restes diverses a la zona del Castell, on també s’ha detectat ocupació ibèrica i vestigis de romanització, encara de la civilització ibèrica sobresurt el poblat de la Serreta, entre els termes municipals de Penàguila, Cocentaina i Alcoi. Al Mas Blanc i al Mas de la Torreta s’han trobat necròpolis ibèriques i al barranc de L’Amagat i Mas Gran del Pellicer, materials ceràmics romans.

Època islàmica

La primera referència documental que es té de Penàguila correspon a una cita de l’historiador musulmà Abenalfalg en la seua història del Cid. En l’època islàmica, des del segle XII (i potser des del segle XI), Penàguila era una aljama o agrupació de caserius de població andalusina que tenien una certa unitat política i administrativa i que s’associaven al castell que els donava nom. L’actual casc de cases de la vila no hi era, encara que la documentació al·ludeix a una alqueria anomenada Raval que es situa prop del castell i, potser, s’hi trobava on ara està la plaça de l’arbre.

Conquesta i cristianització

L’aljama va passar a mans cristianes el 1245, quan aquests conquistaren Biar i es va rendir tota la Muntanya i la Marina (de Biar a Dénia). Però el 1247, Al-Azraq, que controlava la vall de Gallinera, va declarar la guerra als cristians i va ocupar, entre d’altres, el castell de Penàguila que va estar en mans islàmiques fins 1258, en què els sarraïns foren sotmesos i Al-Azraq va fugir.

A partir de 1260 els cristians encetaren una política d’assentament de colons-guerrers prop del castell, concedint-los terres que a voltes eren ermes però altres voltes s’usurpaven als sarraïns. Els conflicte entre cristians i musulmans estava servit. El 1276, una banda d’andalusins rebels mataren dos cristians de l’aljama de Penàguila, en captivaren quinze i s’apoderaren del castell. Al-Azraq, aprofitant la rebel·lia popular dels seus, va preparar reforços i es va disposar a recuperar la comarca, iniciant-se una campanya militar (que representen les festes de moros i cristians) que fou desfavorable als sarraïns i en la qual conta la tradició que el wazir va morir davant d’Alcoi. Els islàmics que ocupaven el castell fugiren i passà a mans cristianes.

La segona sublevació i guerra d’Al-Azraq (1275-1277) féu canviar moltes coses, i per a Penàguila una ben important: la creació del poble. El rei Pere III d’Aragó canvià l’estratègia del poblament cristià. En lloc de limitar-se a facilitar l’arribada de colons cristians dins les aljames, els assentava en llocs estratègicament situats de la comarca i els obligava a construir-se i viure dins de recintes emmurallats ben protegits. La carta pobla de Penàguila, signada a Barcelona per aquest rei el 27 de setembre de 1278, atorgava terres –sis jovades- a cent colons, que tenien l’obligació de mantenir en bon estat i custodiar el castell i construir-se cases i muralles a la vora d’aquest. Poc després es calcula que hi havia uns 40 veïns i a principis del segle XV (el 1421) els veïns o caps de casa eren 94.

Època foral (s. XIII- s. XVIII)

Des de la conquesta, la vila, dedicada essencialment a l’agricultura i la ramaderia, ha tingut una vida lenta i amb pocs sobresalts. Un d’aquests es va produir a mitjans del segle XIV, quan el castell, ben fortificat pels veïns, fou assetjat per les tropes castellanes en la guerra entre Aragó i Castella. El consell i veïns del poble resistiren els invasors castellans el 1356, impedint-los apoderar-se de la fortalesa. Poc Després de derrotar el setge de les tropes castellanes, els penaguilencs restituïren el castell de Gallinera i altres fortificacions d’aquesta vall al rei d’Aragó, i units als de Cocentaina i Alcoi, formaren un cos d’exèrcit que va recuperar per al Regne de València la vila de Xixona, que no havia pogut resistir el setge dels castellans. El rei Pere IV el Cerimoniós, en reconeixement de la lleialtat, li atorgà vot en les Corts Valencianes.

A principis del segle XVI es va produir la Germania valenciana (1519-1522), que fou una revolta popular d’ampla base protagonitzada i organitzada per menestrals de les ciutats i camperols de viles reials i senyorius. Els rebels, sempre cristians, s’oposaven a la corrupció i als abusos (així ho deien) dels nobles, cavallers i jerarquia eclesiàstica. En la Governació (o província) de Xàtiva, on es troba Penàguila, la guerra agermanada, dirigida per un franciscà anomenat l’Encobert (que deia ser la Quarta Persona de la Trinitat) va prendre especial virulència i radicalisme. Es sap que els veïns més influents dels 160 que hi havia al poble juraren germania, mentre que el batlle (o administrador del rei) i l’alcaid del castell (i alhora senyor de Benillup), amb els seus criats i mudèjars es feren mascatats o partidaris del bàndol de l’emperador Carles V. Els de Penàguila, junt amb altres agermanats de viles i pobles de la Governació de Xàtiva, comandats per l’Encobert, marxaren cap a Oriola on s’enfrontaren als mascarats i foren derrotats per aquests. La monarquia va imposar al poble una enorme multa de 1.800 ducats.

La segona meitat del segle XVI es caracteritza per un lleuger augment de la població: s’arriba a 200 veïns (800 habitants) a principis del XVII. Però la tendència s’inverteix sobtadament, afectant-li l’expulsió dels moriscos (1609), no perquè hi haguera població sarraïna al poble (doncs des de la carta pobla eren cristians), sinó perquè molts dels penaguilencs marxaren a repoblar terres que havien hagut d’abandonar els moriscos expulsats dels pobles de la vora. Es calcula que el 1616 hi havia 183 veïns (732 habitants). I encara baixaria més la població durant les dècades de 1640-50 i 1650-60 a causa de les epidèmies de pesta (1647, 1652), de les plagues de llagosta (1640-41) i de fortes i seguides sequeres. El 1646 es calculen 130 veïns (520 habitants). La recuperació demogràfica s’iniciaria a finals del segle XVII.

En la guerra de Successió a la Corona (1703-1714), que va posar fi als furs i als drets de l’antic Regne, la vila fou del bàndol perdedor, i encara que es coneixen pocs detalls sobre el particular, es sap que, com a càstig, va haver de contribuir en 1708 a la reedificació de La Torre de les Maçanes, lloc que fou cremat pels partidaris de l’Arxiduc durant la guerra. D’altra banda aquesta guerra portava de la ma, com totes, grans desastres que immediatament repercutien en una intensa mortalitat catastròfica: l’any 1707 va haver 74 defuncions, mentre que en la dècada anterior o posterior a la guerra la mortalitat no sol ultrapassar 8 defuncions a l’any. Aquesta elevada mortalitat no es deu a accions militars directament (encara que un soldat portuguès va morir al poble) sinó que era conseqüència del desordre que produïa la presència de tropes d’un i l’altre exèrcit enfrontats, les quals s’apoderaven d’aliments, animals de labor i diners, d’on se’n derivava fam i pesta que, junt amb la guerra i la mort, formen els quatre genets de l’Apocalipsi.

Segles XVIII, XIX i XX

El segle XVIII, ultrapassats els efectes catastròfics de la guerra i la postguerra, es caracteritza per una intensa recuperació demogràfica que, cap als anys vuitanta, arribà a duplicar la població que hi havia al final de la guerra de Successió. El cens de 1768 compta 936 habitants, i el de 1787, 1.325, el que és una de les quotes més elevades de la història del poble. El fenomen s’explica en bona mesura no tant pel desenvolupament de l’agricultura com pel creixement de la manufactura tèxtil d’Alcoi la qual proporcionava treball a domicili (cardar i filar) pels pobles de la comarca. Tanmateix, a aquest treball s’afegia la introducció de nous conreus, com ara l’expansió de la vinya (que aleshores va començar duraria fins començament del segle XX) i un lleuger increment del regadiu. Cabanelles diu que els penaguilencs havien descuidat l’agricultura com a conseqüència dels millors beneficis que els reportava el treball a domicili. No té en compte aquest abat que la terra és pobra, l’altitud elevada i la topografia trencada, el que no facilita gaire el creixement agrari.

Al final del segle XVIII, però, van tornar les crisis de subsistència, els mals anys, les sequeres (per exemple la de 1786, 1787 i 1788), la fam i les guerres, que des de 1790 fins 1815 foren seguides i dugueren de la ma les corresponents calamitats: les lleves militars repetides, els impostos extraordinaris, els recaptes forçosos... Sols faltava que, acabades ja les guerres napoleòniques, a Alcoi començara a mecanitzar-se la indústria per a que quedaren es sense faena a domicili un elevat número dels penaguilencs. La mecanització de la indústria alcoiana, doncs, anava en contra de molts veïns que veien suprimir-se un dels principals mitjans de subsistència, i tan prompte com va començar a realitzar-se, van esclatar lluites ludites, que consistien en destruir les fàbriques amb màquines.

El primer gran esclat ludita es va produir el mes de març del 1821, quan camperols del poble i d’altres de la comarca entraren a Alcoi en avalot i cremaren fàbriques i màquines. Aquestes accions duraren uns quants anys i no aconseguiren evitar el triomf de la màquina. S’encetà aleshores una situació d’estancament econòmic i endèmica que no capgirà fins a mitjans del segle XIX.

A mitjans del segle XIX s’inicia el que, potser, fora el moment més dinàmic de la història de la vila, degut als canvis de propietat i formes d’explotació de la terra que va suposar la revolució burgesa i la implantació del règim liberal. El 1847 Madoz calcula 1.280 veïns i registra una notable i intensa explotació agrària que fa que el terme tinga 120 masies treballades; a més cal afegir 3 fàbriques de mantes morellanes, 1 batà i 6 molins fariners.

Una bona prova de la recuperació i empenta del poble és l’existència el 1847 d’una escola de xiquets municipal a la que n’assisteixen 40, dotada amb 100 duros, i una escola de xiquetes a la que en van 30 i la mestra cobra 50 duros. A les escoles s’ha d’afegir la realització d’obres públiques relacionades amb la canalització d’aigües potables, preocupació higienista de l’època. En efecte, a principis dels anys 40 del segle XIX s’havia construït l’aqüeducte conegut com a pont de l’Arca, per on passava l’aigua de la Font de la Vila al poble i, ja en aquest, a la part alta, s’havia instal·lat una font pública amb abeurador per als animals amb una inscripció –avui perduda- que portava data de 1844. A la Font de la Vila (més tard anomenada Font Vella), s’afegia la Font Major (popularment coneguda com a Riuet), que es va fer el 1857 i té 30 eixides d’aigua i un llavador. A les fonts s’afegeixen obres públiques d’envergadura com ho són els alcavons, l’increment de sèquies, al temps que començaven les obres del nou traçat de la carretera a Alcoi, que donava un poc més de volta que l’antic camí dels pescaters que passava per baix de l’Ull del Moro. A mitjans del segle XIX hi havia 1.500 habitants (segons el cens de 1857), i el 1877 Penàguila arribà a la quota màxima d’habitants de la seua història: 1.603. Però des d’aleshores es va iniciar un lent declivi demogràfic i econòmic. El 1900 els habitants eren 1.300; el 1930, 1.100; el 1950 n’eren 940; el 1960, 750; el 1981, 423; el 1991, 352 i el 2003, els habitants són 358. Segons Carreras Candí, a principis del segle XX (1913), la indústria es reduïa a molins fariners, cups de vi i almàsseres, a més d’una pedrera i jaciments de margues, havent-se perdut les fàbriques de mantes. Els intents d’industrialització del segle XX (cartró, confecció i fusta) es reactivaren entre els anys trenta i seixanta, però acabaren fracassat i, per tant, no han sigut capaços d’impedir el declivi demogràfic del poble.

Paral·lelament al declivi demogràfic, la Penàguila del segle XX ha anat perdent a poc a poc alguns dels seus referents: la caserna de la Guàrdia Civil, amb caporal i quatre guardes, que existia des de finals del segle XIX, es va tancar durant els anys de la transició; també aleshores les dos escoles instituïdes pels liberals foren reduïdes a una i, finalment, a finals dels anys 90, ha estat tancada. Un referent, però, que es manté, és la banda de música, que des que fou fundada (no es coneix quan, però està documentada la seua existència des de 1913) era una societat particular.

L'Esglèsia Parroquial

L’actual fàbrica de l’església parroquial de Penàguila, dedicada a l’Assumpció de Nostra Senyora, és un temple de planta barroca amb un campanar, que substitueix una fàbrica més antiga del segle XIV. L’altar major, d’impecable factura acadèmica, fou fet el 1800, quan era arquebisbe de València Joaquim Company, nat al poble; la façana, barroca però de gust i factura popular, té data de 1775. L’església té un arxiu (amb documents des del segle XV fins ara) i un museu on destaca com a peça principal la taula gòtica de la Mare de déu de Penàguila, que recentment han descobert que és la Mare de Déu de Montserrat.

Fins a 1535, a la parròquia de Penàguila pertanyien les dels d’Alcoleja, Ares i Beniafé. Està documentat que des de finals del segle XIV va anar acumulant beneficiats, i al segle XVIII tenia rector, vicari i huit beneficiats, dels que a mitjans del segle XIX en quedaven cinc. A principis del segle XX, sols hi havia rector i vicari, i hui un rector que comparteixen les parròquies de Penàguila, Alcoleja i Benifallim.

Al segle XVIII, si atenem les festes i confraries, la devoció més popular era la de la Mare de Déu de Rosari, amb una confraria de la que formaven part tots els veïns. Hui, encara que la del Rosari té una confraria, la devoció més popular és la de la Mare de Déu del Patrocini, que el 1693 fou proclamada patrona del poble.